Le sue linee ricordano un modello degli anni 70, ma la Yamaha XJR 1200 è una naked moderna e con un sistema ad iniezione elettronica che ha rimpiazzato i precedenti carburatori. Il serbatoio è rimasto inalterato, manca invece il parafango anteriore, mentre il posteriore è stato accorciato, quindi può essere definita tranquillamente una streetfighter racing molto aggressiva. Per quanto riguarda il motore, i pistoni sono originali montati alberi a camme, filtro aria K&N e centralina Dynojet Stage II completamente nuovi. Infine, la parte ciclistica presenta ora all’anteriore una sospensione a steli rovesciati e freni identici a quelli della Yamaha FZ1 mentre al posteriore ora il forcellone è dotato di capriata di rinforzo.
